Fils de Pierre Guérin, banquier à Sens et de Marthe Apolline Hédiard, Charles-François-Prosper Guérin étudie auprès de Gustave Moreau à l'École des beaux-arts de Paris où il se lie à Georges d'Espagnat . Guérin appartient au courant postimpressionniste.
Il expose pour la première fois au Salon des artistes français en 1896, deux huiles sur toile et deux lithographies en couleurs, inspirées de thèmes religieux . L'année suivante, il rejoint la Société nationale des beaux-arts et expose dans leur salon deux peintures et quatre lithographies, principalement des portraitsProfesseur Par la suite, devenu membre de cette société, il expose régulièrement à ce salon : en 1898, il montre un vitrail représentant Salomé ainsi qu'une composition sur bois intitulée Promeneurs dans un jardin, laquelle est destinée à la décoration d'un pavillon de l'hôpital Broca . Au salon d'Automne de 1904, dont il est membre fondateur ,il expose pas moins de dix peintures . Il devient entre-temps, en 1901, membre du comité des Artistes indépendants. En 1913, il fait partie des peintres français exposés à New York lors de l'« Armory Show »
Guérin est mobilisé durant la Première Guerre mondiale d'août 1914 à mars 1919, stationné entre autres à Dunkerque , Le 19 février 1919, il est nommé par le ministère de l'Instruction publique, et sous le parrainage de Frantz Jourdain, chevalier de la Légion d'honneur
À l'occasion d'une exposition aux Grafton Galleries à Londres, Huntly Le Charretier a écrit de son travail : « Un autre spectateur sera attiré par la prodigalité audacieuse de C. Guerin, qui montre comment les couleurs primaires les plus fortes peuvent être utilisées. Et dont le travail a une valeur décorative que les peintures vaseuses et incolores de nos jours ne possèdent pas. Cette exposition, peu connue dans l'histoire de l'art, était un précurseur important de l'exposition postimpressionniste tenue en novembre de cette même année »
Le 12 décembre 1932 il est nommé officier de la Légion d'honneur
Professeur de peinture durant près de vingt ans à l'Académie de la Grande Chaumière, il termine sa carrière chef de l'atelier de peinture de la Grande Masse des beaux-artsde 1937 à 1939 à l'École nationale supérieure des beaux-arts . .............